延長申請をして、修了確認期限が変更となっているということであれば、変更後の修了確認期限をもってご請求いただくことが可能です。

質問者の場合、延長申請後の修了確認期限が令和３年３月31日、受講開始日が平成31年２月1日以降になっているかと思われますので、受講がすべて終わり、校長先生に修了確認を受けた時点で請求できます。