合算して請求することはできません。
同じ薬局でも○○内科分の薬代と△△整形外科分の薬代はそれぞれ１枚ずつの療養補助金請求書を作成してください。

＊総合病院で複数の受診科を受診し、１カ所の薬局で全ての受診科の薬を出してもらっている場合は、合算することができます。